تتنوع مقتنيات المتحف المصري ومنها آثار تل العمارنة ومنها مجموعة الملك أخناتون التى عثر عليها في مقر حكمه (أخيتاتون) بتل العمارنة وتقع منطقة تل العمارنة بمركز ملوى جنوب محافظة المنيا، على بعد حوالى 60 كم جنوب شرق مدينة المنيا، وهى المنطقة التى اختارها أخناتون وزوجته نفرتيتي لإقامة عاصمة مملكته المسماة "أخت آتون"، من أجل عبادة الإله الواحد آتون، الذى رُمز إليه بقرص الشمس تخرج منه أشعة تنتهى بأيد بشرية لتهب الحياة للكون.

وكانت مدينة أخت آتون "تل العمارنة حاليا"، عاصمة لمصر فى عصر الدولة الفرعونية الحديثة، وقد أعطى إخناتون حرية كاملة للفنان للتعبير عن نفسه وما يحيط به مكونًا بذلغفك أول مدرسة للفن الواقعى المعروفة عالميًا بفن العمارنة.

ويتكون المتحف المصرى من طابقين خصص الأرضى منهما للآثار الثقيلة "مثل التوابيت الحجرية والتماثيل واللوحات والنقوش الجدارية"، أما العلوى فقد خصص للآثار الخفيفة مثل "المخطوطات وتماثيل الأرباب والمومياوات الملكية وآثار الحياة اليومية وصورالمومياوات والمنحوتات غير المكتملة وتماثيل وأوانى العصر اليونانى الرومانى وآثار خاصة بمعتقدات الحياة الآخرى"، وكذلك المجموعات الكاملة مثل "مجموعة توت عنخ آمون".

كما يضم المتحف عددًا هائلاً من الآثار المصرية منذ عصور ما قبل التاريخ حتى نهاية العصر الفرعونى بالإضافة إلى بعض الآثار اليونانية والرومانية، منها "مجموعة من الأوانى الفخارية (من عصور ما قبل التاريخ)، صلاية نعرمر (عصر التوحيد)، تمثال خع سخم (الأسرة 2)، تمثال زوسر (الأسرة 3)، تماثيل خوفو وخفرع ومنكاورع (الأسرة 4)، تمثال كاعبر وتماثيل الخدم (الأسرة 5)، وتمثال القزم سنب (الأسرة 6)، وتمثال منتوحتب نب حبت رع (الأسرة 11)، وتماثيل أمنمحات الأول والثانى والثالث (الأسرة 12)، تمثال الكا للملك حور (الأسرة 13)، تماثيل حتشبسوت وتحتمس الثالث (الأسرة 18)، ومجموعة توت عنخ آمون (الأسرة 18)، ومجموعة كنوز تانيس، ومجموعة كبيرة من المومياوات من مختلف العصور.